中财网手掌大拇指根部按压疼:两个在线基因预测工具Glimmer和ORF Finder比较
来源：百度文库 编辑：中财网 时间：2024/05/15 07:51:05
ORF Finder和Glimmer两个都是基因预测的NCBI在线工具:ORF Finder的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/，Glimmer在线的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi关于ORF Finder的详细介绍看：ORF Finder使用说明及基因预测
关于Glimmer的详细介绍看： 微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer Glimmer和ORF Finder比较
1,用大肠杆菌的一个序列(Escherichia coli) : FJ598057结果:Glimmer为0ORF Finder为6（其中一个是准确的，与NCBI原基因的注释一样） 2, 用A型流感病毒(Influenza A virus): CY046940 结果:Glimmer为0ORF Finder为9（其中一个是准确的，与NCBI原基因的注释一样）3, 大肠杆菌的全基因组序列Escherichia coli plasmid pColE8, complete sequence : NC_012882（5个基因）结果:Glimmer为 4/5 (预测5个中有4个正确)ORF Finder为 4/结果较多 (其中也是有4个正确) 总结
1，Glimmer的预测比较严格。ORF Finder的干扰结果较多，但都比较容易区分。2，Glimmer适合微生物基因组的基因预测。ORF Finder任何DNA序列都可以。3，除去Glimmer的限制条件，两个工具预测的准确度都挺高。总的来说，ORF Finder还是好用好多，这是对在线而来的。如果需要对单个序列的基因预测，当然是推荐ORF Finder。当然Glimmer还有批量的功能。这里所说是在线的功能哦。本文详细出处参考：http://liucheng.name/1003/
关于Glimmer的详细介绍看： 微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer Glimmer和ORF Finder比较
1,用大肠杆菌的一个序列(Escherichia coli) : FJ598057结果:Glimmer为0ORF Finder为6（其中一个是准确的，与NCBI原基因的注释一样） 2, 用A型流感病毒(Influenza A virus): CY046940 结果:Glimmer为0ORF Finder为9（其中一个是准确的，与NCBI原基因的注释一样）3, 大肠杆菌的全基因组序列Escherichia coli plasmid pColE8, complete sequence : NC_012882（5个基因）结果:Glimmer为 4/5 (预测5个中有4个正确)ORF Finder为 4/结果较多 (其中也是有4个正确) 总结
1，Glimmer的预测比较严格。ORF Finder的干扰结果较多，但都比较容易区分。2，Glimmer适合微生物基因组的基因预测。ORF Finder任何DNA序列都可以。3，除去Glimmer的限制条件，两个工具预测的准确度都挺高。总的来说，ORF Finder还是好用好多，这是对在线而来的。如果需要对单个序列的基因预测，当然是推荐ORF Finder。当然Glimmer还有批量的功能。这里所说是在线的功能哦。本文详细出处参考：http://liucheng.name/1003/