6月21日，毛泽东向军委扩大会议的全体与会者讲话。他说：“我多年来没有管军事。不管军事，四年于斯矣。朝鲜战争以后，一切推给彭德怀同志。你们批评得对，你们越批评我就越为舒服。你们凡是批评彭德怀同志的，也就是批评我。你们看对不对？我是这样看。要说是军事完全搞坏了，那也不是，也没有一个同志说完全搞坏的，而是同志们大多数都说的八年来基本上搞得好，也有缺点、错误。担责任的是彭德怀同志，但不能完全怪他一个人，还应该要怪我。讲责任，第一是我，第二是彭德怀，第三恐怕是黄老，因为他是秘书长，还有各总部。”毛泽东接着详细讲了我军在历史上和当前存在的教条主义问题。

　　6月23日，毛泽东召集军委扩大会议主席团成员和各组组长座谈会。毛泽东在会上说，学习苏联的方针是坚定不移的，因为他是第一个社会主义国家。过去学，现在学，将来也还要学，但一定要有选择地学，坚决反对教条主义。并明确提出“打倒奴隶思想，埋葬教条主义”。而后，毛泽东在中南海怀仁堂发表讲话，他说：“现在学校奇怪得很，中国革命战争经验不讲，专门讲‘十大打击’，而我们几十个打击也有，却不讲。……不知道军事学院、训总到底有多少马克思列宁主义。马列主义本来是行动的指南，而他们当作死条条来啃，马克思、列宁的话，一定批评他们是教条主义。”讲话的末尾，他还对刘伯承的功过作了不适当的评论，“伯承身上的旧军阀习气就完全没有了吗？当着他的面我也要说，我看还是有的。他一到苏区，就和‘洋大人’搞在一块儿，军事上完全是本本主义、教条主义那一套。抗战时期，好一点。解放战争初期，特别是进了大别山，也不行。办了军事学院，好为人师，搞起了老本行——教条主义，莫误人子弟哟。”毛泽东指责刘伯承的这段话来自晓农、疆文：《彭德怀刘伯承的误会与纠葛》，《党史文苑》2005年第1期。

　　彭德怀顺着毛泽东的话题，板着面孔说道：“刘伯承身上有很严重的教条主义，不但影响了南京，连北京也有些吹鼓手、抬轿子的。不要忘了，红军时期，教条主义可是逼死过革命同志的！”

　　彭德怀所言是有所指的。长征途中，红一、红四方面军会合于草地后，红四方面军主动将一些军、师干部送到刘伯承任总教官的红军学校受训，时任红四方面军三十军军长的余天云也在其中。余聪敏倔强，指挥打仗果敢决断，２０岁便当了军长，深得张国焘的器重。但由于文化修养浅薄，阅历有限，加之性情刚烈，惯于争强好胜，对于全新的军事知识接受不了，倘若谦虚好学也就没事，偏在战术问题上与班级教官争吵，一直争执到刘伯承那儿，不但口出狂言加以谩骂，还公然拔枪相胁。基于余天云严重违纪，学校将他关了短期禁闭。不料余天云思想上想不开，认为自己这个红四方面最年轻最有前途的军长折了面子，羞愤难当，竟在一次行军时跳崖自杀。对于余天云的死，连张国焘也认为余心地如此脆弱，心理素质如此差劲，这种轻率举动是不可迁怪别人的，也就没有为难刘伯承。

　　相隔了二十多年之后，彭德怀重提旧事，毛泽东附和道：“教条主义真是害死人哟。”

　　毛泽东指出：“刘伯承同志的错误是思想方法问题，是方向问题。”同时他也肯定：“伯承同志有令人佩服的一面——认真。”并说：“伯承同志的检讨发言不要写了，也不要出席会议。决议不要写任何人。”

　　毛泽东讲话后，会议又升温了，采取大鸣、大放、大字报、大辩论的方式，批判教条主义、资产阶级军事路线、反党宗派活动等。大会先后点了萧克、李达、陈伯钧、宋时轮、粟裕等上将、大将的名，两位元帅叶剑英和刘伯承也未能幸免。

　　这天晚上，抱病来京参加会议的刘伯承在病床前召见了杨得志、陈锡联和廖汉生。他非常坦诚地提出因病不能天天到会场上去，要他们三人帮助他了解会议情况，分析问题，提出意见，以便作好检讨发言。望着老院长诚挚的神态，听着他沉重的话语，在场的三人也都心情沉重。

　　林彪从会议一开始就煽风点火、含沙射影、暗箭伤人，起了推波助澜的恶劣作用。林彪所指责的问题，事实上哪个单位也不存在。他这样说完全是别有用心，是不点名地攻击军事学院和训练总监部，攻击主持这两个单位工作的刘伯承和叶剑英。

　　在“九一三”事件后的第二个年头，邓小平给毛泽东写信，专门谈了他对林彪的看法。他在信中说，“在全国解放后，我从一些事情中，逐渐觉得他是一个怀有嫉妒心和不大容人的人。这我是从他对罗荣桓、刘伯承等同志的态度中看出的。刘伯承同志在军事学院的教学方针中是有缺点和错误的……但是林彪和×××一块，对刘的批评不是与人为善的，林在军委扩大会议上的讲话更是声色俱厉的，他们甚至说刘在二野没起什么作用，似乎只有我在那里起作用，当时我曾为此说过，没有那样能够很好合作的司令员，我这个政治委员也起不了什么作用的（我记得在常委也说过）。对我这个态度，林彪当然是不高兴的。”